Niezależnie od nowelizacji ustawy o warunkach zdrowotnych żywności i żywienia, pod koniec czerwca 2005 Główny Inspektorat Sanitarny udostępnił do konsultacji projekt ustawy o bezpieczeństwie żywności i żywienia mającej zastąpić obowiązującą ustawę o warunkach zdrowotnych żywności i żywienia, oraz umożliwić wprowadzenie w Polsce pakietu unijnych rozporządzeń w sprawie higieny, który ma obowiązywać od 1 stycznia 2006.

10 listopada 2005 w Ministerstwie Zdrowia zorganizowano konferencję uzgodnieniową podsumowującą drugą faże konsultacji projektu z udziałem przedstawicieli resortów rządowych, organizacji konsumentów, związków zawodowych i przemysłu zywnościowego.

Ostatnia faza konsultacji dotyczyła tekstu opracowanego po konferencji uzgodnieniowej. PFPŻ wnikliwie przeanalizowała tekst i skierowała do Głównego Inspektoratu Sanitarnego stanowisko, które popiera kierunek osiągnięty na obecnym etapie przez autorów ustawy oraz zwraca uwagę na potrzebę uwzglęnienienia najważniejszych spośród tych uwag PFPŻ, które nie zostały jeszcze przyjęte oraz kilku nowych kwestii dostrzeżonych przez ekspertów Federacji.

Federacja zdołała dotąd przekonać GIS do uwzględnienia kilkudziesięciu poprawek, co ostatecznie skłoniło PFPŻ do poparcia projektu.