PFPŻ otrzymało odpowiedź  Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi na przedstawione w lutym 2007 stanowisko Federacji dotyczące propozycji Komisji Europejskiej wyznaczającej obowiązkowy 10% poziom biopaliw w krajach UE do roku 2012. W swoim stanowisku PFPŻ  zaapelowało o odrzucenie propozycji Komisji Europejskiej, jako mającej potencjalnie negatywny wpływ zarówno na funkcjonowanie przemysłu rolno – spożywczego jak i sytuację ekonomiczną konsumentów w Polsce i Unii Europejskiej.
Podejmowane przez Unię Europejską inicjatywy, mające na celu powiększenie ilości energii, pochodzącej ze źródeł odnawialnych należy uznać za niezwykle ważne z punktu widzenia przyszłego bezpieczeństwa energetycznego. PFPŻ zauważa jednak, że inicjatywy te powinny zostawiać Krajom Członkowskim możliwość wyboru dróg rozwoju źródeł energii odnawialnej, odpowiednich do stopnia dostępności  zasobów naturalnych i ich sytuacji społeczno – gospodarczej.
W nadesłanym do PFPŻ piśmie Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi nie podziela obaw przemysłu i w świetle przedstawionych analiz uważa wniosek PFPŻ za bezzasadny.
Obecna sytuacja na rynku biopaliw i perturbacje związane z cenami zarówno oleju jak i surowcawskazują jednak, że regulacje dotyczące biopaliw mają olbrzymi wpływ na stabilność rynków rolnych. Biorąc pod uwagę przyjęcie propozycji Komisji Europejskiej - niestety potencjalnie negatywny.